Policie došla k přesvědčení, že jej zavraždila mafie. Jeho smrt si údajně objednala skupina jeho odborářských kolegů, kteří se obávali, že Hoffa může jejich spojení s mafií ohrozit.
Nová stopa byla nalezena s pomocí moderní technologie. V den, kdy zmizel, jel Hoffa v automobilu svého přítele - to se potvrdilo na základě analýzy DNA. Jak napsal deník Detroit News, byl ve voze jeho přítele, rovněž odboráře Charlese O´Briana nalezen při prohlídce krátce po Hoffově zmizení vlas.
Nyní je jisté, že patřil právě odborářskému šéfovi. FBI jej srovnala s vlasem, který byl získán z jeho hřebenu a uložen s ostatními stopami v archivu. O´Brian tvrdil, že Hoffa v jeho autě nikdy nejel.
Policie se domnívala, že inkriminovaný vůz ve skutečnosti patřil synovi jednoho vysoce postaveného mafiána. Ale dokázat to nemohla. Syn zmizelého, James P. Hoffa, který je v současnosti šéfem stejných odborů, doufá, že se záhadné zmizení po létech přece jen objasní.
"Musíme předat spravedlnosti ty, kteří jsou odpovědni za zmizení mého otce," řekl deníku Detroit News. FBI si ale není podobným koncem případu, který vzrušil Ameriku a byl i předlohou pro hollywoodský film s Jackem Nicholsonem v hlavní roli, vůbec jistá. Většina důležitých svědků už totiž nežije a hlavní podezřelý, Charles O´Brian, je těžce nemocný.