Dvaašedesátiletá herečka nosí už nějakou dobu velký prsten. Nikoho ale nenapadlo, že by mohl být zásnubní. "Není mou povinností to sdělovat," řekla divadelnímu kritikovi Joe Dziemianowiczovi z listu New York Daily News, kterého překvapilo, že nikde o jejím zasnoubení nečetl.
Shepardová prozradila, že přijala nabídku k sňatku od svého srbského přítele Andreje Nikolajeviče. "On býval klenotníkem. Teď pracuje jako psycholog. Je to Srb. Bylo to velmi romantické, klečel na koleni. Nikdy bych si nepomyslela, že se znovu vdám," svěřila herečka, která byla už dvakrát vdaná.
Nejprve byl jejím manželem obchodník a umělec David Ford, kterého si brala v roce 1978. Rozvedli se po čtyřech letech. Mají spolu dceru Clementine Fordovou, která je také herečka a otevřeně se hlásí k lesbické orientaci.
V roce 1987 si Sheperdová vzala chiropraktika Bruce Oppenheima. Narodila se jim dvojčata Zack a Ariel. Manželství ale vydrželo pouhé tři roky.
Herečka dosud vzpomíná také na svůj vztah s Elvisem Presleyem. "Cítím pořád jeho přítomnost, i po více než třiceti letech od jeho smrti. Není to ale nic tak silného, že bych musela volat krotitele duchů. Sice se mi nezjevuje, ale mám pocit, že je mi neustále nablízku. Byl to miláček, ale zároveň se utápěl v drogách. Spíš mě ale pronásleduje představa, moje velké přání, aby žil déle. Jsem z Memphisu, a tak na mě jeho život a smrt doléhá daleko víc. Možná jsem měla být lepší přítelkyní a pomoci mu," řekla herečka v roce 2008.