Herečka jako teenagerka měla sexuální zkušenosti se ženami, když se přestěhovala z Anglie do Spojených států. Šlo o její období vzdoru vůči konvencím.
"Měla jsem vztah s dívkou a chodily jsme spolu dlouho, bylo to ještě na střední škole. Jsem už dost stará na to, abych to řekla," přiznala Andersonová pro magazínu Out.
Šlo jí hlavně o to, aby lidi šokovala - svým vzhledem, oblečením, chováním a také vztahy. Nosila barevné vlasy, chodila také s punk rockovým narkomanem. Ve škole si vysloužila tituly jako Nejbizarnější osoba, nebo Ta, kterou s největší pravděpodobností zatknou.
Přestože se to herečce se ženami líbilo, nebyla prý stoprocentní lesbičkou. Přitahovali ji totiž i muži.
"Je možné, že můj postoj k tomu ovlivnil jistým způsobem fakt, že se mi pořád líbili kluci," přiznala herečka, kterou proslavila role agentky Scullyové v seriálu Akta X.
Andersonovou, kterou v roce 1996 zvolil magazín FHM za nejvíce sexy ženu světa, prý občas ještě pořád baví experimentovat se ženami.
Gillian Andersonová byla dvakrát vdaná a má tři děti. Sedmnáctiletou dceru Piper Maru z prvního manželství a pětiletého Oscara a tříletého Felixe s nynějším partnerem Markem Griffithsem, s nímž chodí od roku 2006.